Fiche de PRESLES Benoit

2025 : Habilitation à Diriger des Recherches (HDR) en Informatique, Université Bourgogne Europe, École Doctorale (ED) Sciences Physiques pour l’Ingénieur et Microtechniques (SPIM), Dijon, France

Titre : Vers une meilleure analyse quantitative des images médicales – Approche translationnelle

Jury : Maître de conférences HDR Oscar Acosta (Université de Rennes – rapporteur), Professeur Nicolas Passat (Université de Reims Champagne-Ardenne – rapporteur), Professeure Caroline Petitjean (Université de Rouen Normandie – rapporteuse), Directrice de recherche au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Carole Lartizien (Université de Lyon – examinatrice), Professeur-Praticien Hospitalier Jean-Louis Alberini (Université de Bourgogne-Centre Georges François Leclerc – examinateur), Maîtresse de conférences HDR Stéphanie Bricq (Université de Bourgogne – examinatrice), Professeur Fabrice Meriaudeau (Université de Bourgogne – examinateur), Physicien médical HDR Jean-Marc Vrigneaud (Centre Georges François Leclerc – examinateur)

2011 : Doctorat en Image, Vision, Signal, École des Mines de Saint-Étienne, Saint-Étienne, France

Jury : Professeur Christian Germain (Université de Bordeaux – rapporteur), Professeur Ernest Hirsch (Université de Strasbourg – rapporteur), Maître de conférences Yvan Maillot (Université de Haute-Alsace – examinateur), Directrice de recherche Françoise Prêteux (MINES ParisTech – examinatrice), Professeur Jean-Charles Pinoli (École des Mines de Saint-Étienne – directeur), Professeur Gilles Févotte (Université Lyon 1 – co-directeur), Maîtresse de conférences Ana Cameirao (École des Mines de Saint-Étienne – examinatrice), Chargé de recherche Johan Debayle (École des Mines de Saint-Étienne – examinateur)

2008 : Master 2 recherche en Image, Vision, Signal, École des Mines de Saint-Étienne, Saint-Étienne, France

2004 : Diplôme d’ingénieur de l’École des Mines d’Alès, École des Mines d’Alès, Alès, France

– Développement de nouvelles méthodes de segmentation en imagerie anatomique

– Amélioration de la quantification en imagerie nucléaire

Financements :

2024 : Bourse Université de Bourgogne, Partenaire

2024 : Financement Région Bourgogne-Franche-Comté Itinéraire Chercheurs Entrepreneurs (ICE), Partenaire

2022 : Obtention d’un accès aux ressources de calcul et de stockage de l’Institut du Développement et des Ressources en Informatique Scientifique (IDRIS), Porteur du projet

2021 : Financement Agence Nationale de la Recherche (ANR) Jeunes Chercheuses – Jeunes Chercheurs (JCJC), Porteur du projet

2020 : Bourse Université de Bourgogne, Partenaire

2019 : Financement Industriel GE Healthcare, Partenaire

2019 : Bourse Université de Bourgogne, Partenaire

2018 : Financement Région Bourgogne-Franche-Comté Accompagnement Nouvelle Équipe de Recherche (ANER), Porteur du projet

Selected publications

• Nerea Payan, Benoit Presles, Charles Coutant, Isabelle Desmoulins, Sylvain Ladoire, Françoise Beltjens, François Brunotte, Jean-Marc Vrigneaud, and Alexandre Cochet. Respective contribution of baseline clinical data, tumour metabolism and tumour blood-flow in predicting pCR after neoadjuvant chemotherapy in HER2 and Triple Negative breast cancer. European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging Research, volume 14, pages 1–14, 2024, (quartile du journal : Q1)
• Felix Quinton, Benoit Presles, Sarah Leclerc, Guillaume Nodari, Olivier Lopez, Olivier Chevallier, Julie Pellegrinelli, Jean-Marc Vrigneaud, Romain Popoff, Fabrice Meriaudeau, and Jean-Louis Alberini. Navigating the nuances : comparative analysis and hyperparameter optimisation of neural architectures on contrast-enhanced MRI for liver and liver tumour segmentation. Scientific reports, volume 14, page 3522, 2024, (quartile du journal : Q1)
• Antoine Merlet, Benoît Presles, Kuan-Hao Su, Julien Salvadori, Farzam Sayah, Hanieh Jozi, Alexandre Cochet, and Jean-Marc Vrigneaud. Validation of a discovery MI 4-ring model according to the NEMA NU 2-2018 standards : from Monte Carlo simulations to clinical-like reconstructions. European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging Physics, volume 11, 2024, (quartile du journal : Q1)
• Tien-Phong Pham, Benoit Presles, Romain Popoff, Jean-Louis Alberini, and Jean-Marc Vrigneaud. Pre-treatment dosimetry in 90Y-SIRT : Is it possible to optimise SPECT reconstruction parameters and calculation methods for accurate dosimetry ? Physica Medica : European Journal of Medical Physics, volume 115, page 103145, 2023, (quartile du journal : Q1)
• Diana M. Marin-Castrillon, Alain Lalande, Sarah Leclerc, Khalid Ambarki, Marie-Catherine Morgant, Alexandre Cochet, Siyu Lin, Olivier Bouchot, Arnaud Boucher, and Benoit Presles. 4D segmentation of the thoracic aorta from 4D flow MRI using deep learning. Magnetic Resonance Imaging, volume 99, pages 20–25, 2023, (quartile du journal : Q2)

• Adam Fragkiadakis, Felix Quinton, Romain Popoff, Guillaume Nodari, Olivier Lopez, Julie Pellegrinelli, Juan Andres Cisneros Jacome, Olivier Chevallier, Jean-Marc Vrigneaud, Jean-Louis Alberini, Fabrice Meriaudeau, Sarah Leclerc, and Benoit Presles. CT-MRI liver registration for selective internal radiation therapy. In SPIE Medical Imaging 2024 : Image Processing, volume 12926, page 129261P, 2024.
• Diana M. Marin-Castrillon, Vasileios Melissianos, Arnaud Boucher, Sarah Leclerc, Siyu Lin, Marie-Catherine Morgant, Chloé Bernard, Alain Lalande, Olivier Bouchot, and Benoît Presles. 4D SEGMENTATION OF THE AORTA FROM 4D FLOW MRI USING A 4D CONVOLUTIONAL NEURAL NETWORK. In 20th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) – one-page abstract, 2023.
• Tien-Phong Pham, Benoit Presles, Romain Popoff, Jean-Louis Alberini, and Jean-Marc Vrigneaud. Pre-treatment dosimetry of 90Y-SIRT in hepatic tumours : optimisation of reconstruction parameters and calculation methods. In European Association of Nuclear Medicine (EANM), Barcelona, Spain. European Journal of Nuclear Medicine and Molecular Imaging, 2022.
• Diana M. Marin-Castrillon, Arnaud Boucher, Siyu Lin, Chloe Bernard, Marie-Catherine Morgant, Alexandre Cochet, Alain Lalande, Olivier Bouchot, and Benoit Presles. Multi-atlas Segmentation of the Aorta from 4D Flow MRI : Comparison of Several Fusion Strategies. In Statistical Atlases and Computational Models of the Heart (STACOM) 2021, Virtual. Multi-Disease, Multi-View, and Multi-Center Right Ventricular Segmentation in Cardiac MRI Challenge. Lecture Notes in Computer Science, volume 13131, pages 3–11, 2022

Enseignement en informatique :

Depuis 2016 : CM-TP-TD de bases de données, niveau L3

Depuis 2016 : CM-TP-TD de programmation, niveau L3

Depuis 2021 : CM-TP-TD de programmation mobile, niveau M2 (dernière année d’école d’ingénieur)

Enseignement en intelligence artificielle :

Depuis 2020 : CM-TP sur l’apprentissage automatique, niveau M2

Co-direction de thèses :

1. Petros-Konstantinos Iosifidis (en cours). Directeur de thèse : DR Jean-Marc Vrigneaud

Mme Diana Marín (2022). Directeur de thèse : PU-PH Olivier Bouchot

Co-encadrement de thèses :

1. Pierre Bugnon (en cours). Directeur de thèse : PU-PH Jean-Louis Alberini
2. Tien-Phong Pham (en cours). Directeur de thèse : PU-PH Jean-Louis Alberini
3. Félix Quinton (2025). Directeur de thèse : PU-PH Jean-Louis Alberini, co-direction PR Fabrice Meriaudeau
4. Antoine Merlet (2024). Directeur de thèse : PU-PH Alexandre Cochet, co-direction DR Jean-Marc Vrigneaud

Mme Néréa Payan (2020). Directeur de thèse : PU-PH Alexandre Cochet

Supervision de stagiaires :

11 stagiaires M2 depuis 2016